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典型的尖锐湿疣诊断不难，但非典型的诊断有时是不容易的，需要进行各种实验室的辅助检查进行确诊，目前研究的方法很多，各有优缺点，叙友谊是根据病人的情况及当地实验室的条件进行选择应用。
1、 组织病理学检查
尖锐湿疣的组织病理学变化主要在表皮，真皮也有相应的改变，包括角化过度，角化不全，棘层肥厚，表皮突延长，增宽或分支，形成乳头瘤样或假上皮瘤增生，真皮血管扩张，管周有不同程度的慢性炎性细胞浸润，特征性的变化是颗粒层和棘层中上部出现空泡化细胞。典型的空泡细胞体积较大，有一大而圆或皱缩的深嗜碱性胞核，可有轻度不规则的改变，合奏可见淡染的空泡化区。
2、 透视电镜检查
病变处角元细胞体积增大、核肥大，电镜下空泡化细胞最常见的病变是核内染色质凝集并周边化，核内出现多量染色质之间颗粒及染色质周围颗粒，易见到核小体。有的颗粒呈晶格状排列，有的则散发于核内，关键在于证实有HPV颗粒，但阳性率性。
3、 免疫组化检查法
此法主要是用抗体（大多为HPV免疫动物后产生的多克隆抗体）检查HPV抗原，所用方法有PAP法、ABC法、PAAP法等，当前前两者较常用，经过组织切片、染色等一系列处理后，在空泡化细胞核内见到棕褐色颗粒状沉着为阳性，对诊断有意义，但阳性率不高，一般在40%—60%之间。
4、 其他抗原检测性
有Southern分子杂交法、DNA探针原位杂交法、RNA探针原位杂交法等等，虽然对尖锐湿疣的诊断、HPV分型研究等各有各的作用，但是方法复杂，要求条件高，费用昂贵，不易推广，更不易用于广大基层。
5、 聚合酶链反应（Polymerase Chain Reaction, PCR）
这是一种快速、敏感和较特异的检查方法，对尖锐湿疣的诊治，尤其是对亚临床型和潜伏型病人的诊治有一定的帮助。但由于各种原因，尤其在国内开展过程中其特异性逐渐降低，因而只供临床参考。
6、 醋酸白试验
①发白（醋酸白）试验。因其是将3%—5%醋酸液涂抹或敷贴在可疑的受损皮肤上而使有尖锐湿疣的疣体发白，故称为醋酸白试验。一般用棉拭子涂于局部，用棉球或纱布（先用5%醋酸液浸透）覆盖局部，根据不同的部位1—15分钟不等，用肉眼或借助放大镜观察局部发白为阳性。发白的机制尚未明了，可能是HPV感染上皮的不正常细胞而使蛋白凝固的结果，也可能由于HPV感染的上皮与正常的未感染上皮的角蛋白不同，只有HPV感染了的上皮角蛋白才能被醋酸发白。但无论如何，在临床实践中发白试验不但对诊断尖锐湿疣有意义，而且对指导治疗也有很大的价值。但发白试验也有假阳性或假阴性，故应结合临床表现和其他检查结果综合分析和运用。
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